Ausgehend von den bestehenden übergeordneten Gleichstellungszielen des ESF dienen die Erkenntnisse der Gender-Analyse zur Formulierung konkreter, fachlich fundierter Gleichstellungsziele des jeweiligen Einzelprogramms.

Die Übersetzung der globalen Gleichstellungsziele des ESF in konkrete und überprüfbare Handlungsziele für das jeweilige Programm, das heißt die Operationalisierung und fachliche Übersetzung von Zielen, ist ein zentraler Schritt in der Umsetzung von Gender Mainstreaming. 

Die Gleichstellungsziele eines Programms sollten auf das jeweilige Interventionsfeld zugeschnitten formuliert werden und sich in die Zielarchitektur des Programms einfügen. Die Schlüsselfrage lautet hier:

Welcher Beitrag soll und kann im Rahmen der Interventionsmöglichkeiten eines Programms zur Förderung der Gleichstellung von Frauen und Männern geleistet werden?

Bei der Formulierung der Gleichstellungsziele eines Programms sind jeweils Wirkungsziele zu formulieren und daraus abgeleitet Teilhabeziele und Ergebnisziele zu konkretisieren. 

• Wirkungsziele beschreiben die angestrebte Wirkung von Programmen auf das Interventionsfeld. Sie sind meist nur bedingt quantifizierbar (bspw. Erhöhung der Erwerbsquote von Frauen oder Männern in einem bestimmten Berufsfeld) und in der Regel qualitativ formuliert. Gender Mainstreaming erfordert die Formulierung von Gleichstellungszielen als pragmatische und strategische Wirkungsziele, welche die inhaltliche Ausrichtung eines Programms festlegen und die Ausrichtung der zu fördernden Projekte leiten können (bspw. Abbau der horizontalen oder vertikalen Segregation am Arbeitsmarkt, Verringerung der horizontalen Segregation im Bildungssystem usw.). 
• Ergebnisziele richten sich auf das angestrebte Ergebnis von Programmen wie bspw. Bildungsabschlüsse oder erfolgreiche Arbeitsmarktintegration. In gleichstellungsorientierter Hinsicht spielt dabei die Qualität des Bildungsabschlusses oder der Arbeitsmarktintegration (bspw. eine stabile, existenzsichernde und qualifikationsadäquate Beschäftigung) eine wichtige Rolle, weshalb Ergebnisziele auch qualitativ formuliert und nicht auf quantitative Quoten reduziert werden sollten.
• Teilhabeziele richten sich auf den Anteil von Frauen und Männern, die mit einem ESF-geförderten Programm erreicht werden sollen. Die häufig angestrebte Quote des Anteils von Frauen und Männern entsprechend ihrem Anteil an den Arbeitslosen ist dabei in vielen Fällen zu undifferenziert. Eine solche Quote bildet auf aggregierter Programmebene lediglich die bestehende Verteilung ab und kann ggf. eine Unterrepräsentation verhindern. In der Abbildung eines Status Quo wird jedoch noch kein aktiver Beitrag zur Gleichstellung geleistet. Für bestimmte Interventionsfelder kann sie aber auch zu hoch gegriffen sein, z. B. wenn der Frauen- oder Männeranteil in einem spezifischen Bereich gering ist (wie bspw. im Ausbildungssegment Technologieberufe oder im Beschäftigungssektor Gesundheit und Soziales).
  Das Operationelle Programm für den ESF auf Bundesebene sieht vor, dass Frauen mindestens 50 Prozent der teilnahmebezogenen Mittel in der Förderperiode 2007-2013 zugute kommen werden. Dies erfordert eine entsprechende Ausrichtung und Steuerung der Einzelprogramme.

Je konkreter die Gleichstellungsziele eines Programms formuliert sind, desto besser können sie die Ausrichtung der Projekte lenken, die im Programm umgesetzt werden.